An der Stelle des Palácio Nacional da Pena befand sich ursprünglich eine kleine Kapelle, die der Muttergottes von Pena geweiht war. Im Jahr 1503 ersetzte König Manuel I. es durch ein Kloster für den Orden des Heiligen Hieronymus. Dieser abgelegene religiöse Zufluchtsort bestand über zwei Jahrhunderte lang, bis das verheerende Erdbeben von 1755 ihn in Trümmer legte.