Il sito del Palácio Nacional da Pena ospitava originariamente una piccola cappella dedicata a Nostra Signora di Pena. Nel 1503, il re Manuel I lo sostituì con un monastero dell'Ordine di San Girolamo. Questo appartato rifugio religioso rimase in piedi per oltre due secoli fino a quando il devastante terremoto del 1755 lo ridusse in rovina.